C’est le siège principal de la civilisation dite torréenne (IIIe et IIe millénaire av. J.-C.) dont subsistent à Porto-Vecchio les principaux vestiges, au lieu-dit éponyme, Torre. Le port actuel est sans doute fondé ou repris par les Grecs de Syracuse au VIe siècle av. J.-C. et se situe à l’emplacement du « Portus Syracusanus » romain.
La région, pourtant fertile, est désertée au Haut-Moyen Âge en raison de la malaria qui l’infeste ainsi que des persécutions des colons génois installés dans la cité de Bonifacio. Du XIIIe au XVIe siècle, les seigneurs de la Rocca conservent cette contrée sous leur autorité, et les populations autochtones résidant à la montagne continuent à y mener leur bétail durant l’hiver.
Après le passage de la seigneurie de la Rocca sous l’administration directe de la Banque de Saint-Georges, les Génois y fondent une colonie et font construire une forteresse dont demeurent de nombreux bastions (1539) afin de se protéger des Barbares. Destinée à être un chef-lieu de juridiction et à permettre la mise en valeur de la plaine, la colonie génoise de Porto Vecchio se révèle être un échec : du fait de la malaria, de la menace permanente des corsaires turcs mouillant à proximité et des agressions des Corses, la cité est plusieurs fois abandonnée. Après diverses tentatives de peuplement, la République de Gênes décide de favoriser l’installation dans la citadelle des familles insulaires originaires de la montagne, Quenza essentiellement.le courant du XVIIe siècle, Porto Vecchio est de fait peuplée par les populations montagnardes. Cependant la très grande majorité des habitants continuèrent durant des générations à regagner la montagne durant l’été, fuyant le paludisme et empêchant de ce fait un développement réel du lieu. Au cours du XIXe siècle, les marécages furent asséchés